A Resolução n.º 117/99, de 29 de julho, nomeou os membros do primeiro Conselho Diretivo do IRAR, Eng.º Pedro Cunha Serra, Eng.º António Teixeira Cardoso e Dr.ª Adozinda Pinto. O Eng.º Pedro Cunha Serra terminou funções no IRAR em 14 março de 2001, passando a gestão do Instituto a ser assegurada pelos dois vogais.
Pela Resolução n.º 26/2003, de 6 de março, foi designado um novo Conselho Diretivo do Instituto, constituído pelo Eng.º Jaime Fernando de Melo Baptista, pela Eng.ª Dulce Álvaro Pássaro e pelo Prof. Dr. Rui Ferreira dos Santos, cujos mandatos cessaram em março de 2006, tendo sido os mesmos reconduzidos nas suas funções pela Resolução n.º 60/2006, de 8 de junho, com efeitos a partir de 18 de março.
Em finais de 2006, o Prof. Dr. Rui Ferreira dos Santos foi exonerado, a seu pedido, do cargo de Vogal do Conselho Diretivo do IRAR. Em sua substituição foi nomeado o Dr. João Simão Pires, conforme Resolução n.º 100/2006, de 26 de outubro.
Pela Resolução n.º 13/2009, de 14 de maio, com efeitos a partir de 19 de março, foram renovados os mandatos do Eng.º Jaime Fernando de Melo Baptista e da Eng.ª Dulce Álvaro Pássaro por um novo período de três anos.
A partir de 26 de outubro de 2009, a Eng.ª Dulce Álvaro Pássaro assumiu funções governativas, tendo sido nomeada como Vogal do Conselho Diretivo da ERSAR a Dr.ª Fernanda Maçãs, a partir do dia 1 de março de 2010, conforme Resolução n.º 6/2010, de 25 de fevereiro.
Tendo cessado o mandato do Dr. João Simão Pires foi nomeado Vogal do Conselho Diretivo da ERSAR o Dr. Carlos Lopes Pereira, pela Resolução n.º 25/2010, de 24 de junho.
A Dr.ª Fernanda Maçãs foi exonerada do cargo de Vogal do Conselho Diretivo, a seu pedido, em 1 de janeiro de 2012.
A Resolução n.º 18/2012, de 18 de abril, veio reconduzir o Eng.º Jaime Melo Baptista no cargo de Presidente do Conselho Diretivo da ERSAR. O Eng.º Jaime Melo Baptista e o Dr. Carlos Lopes Pereira terminaram funções na ERSAR em 19 de abril de 2015.
A Resolução n.º 24/2015, de 17 de abril, veio nomear, sob proposta do Ministro do Ambiente, Ordenamento do Território e Energia, o Dr. Orlando José Manuel de Castro Borges, o Dr. Paulo José Martins Raposo Lopes Marcelo e a Dra. Ana Teresa Peralta Barreto de Carvalho Albuquerque, respetivamente, para os cargos de presidente e de vogais do conselho de administração com efeitos a partir de 20 de abril de 2015, inclusive. Ficou estabelecido que os mandatos têm a duração, respetivamente, de seis anos, cinco anos e seis meses e cinco anos, nos termos n.º 5 do artigo 18.º dos Estatutos da ERSAR.